Osalemine koostöövõrgustikes

  • Eesti-Vene piiriveekogude kaitse ja kasutamise ühiskomisjon on moodustatud piiriveekogude  koostöö koordineerimiseks. Peipsi Koostöö Keskuse eksperdid osalevad kahes töörühmas: Veeressursside kompleksse haldamise ning Seire, hinnangu ja rakendusuuringute töörühmades.
  • Arengukoostöö Ümarlaud on arengukoostöö valdkonnas tegutsevaid või sellest huvituvaid Eesti kodanikuühendusi koondav katusorganisatsioon.
  • LIVING LAKES võrgustiku tööd koordineerib Ülemaailmne Looduse Fond, mille eesmärgiks on järvede, märgalade ja mageveevarude kaitse kogu maailmas. 2008. aasta alguse seisuga esindavad eri parterorganisatsioonid kokku 45 järve ja 25 nn partnerjärve neljalt mandrilt. Peipsi järv ja Võrtsjärv, mida esindavad  Peipsi Koostöö Keskus, Eestimaa Looduse Fond ja Võrtsjärve SA on võrgustiku liikmed alates 2003. aastast.
  • Global Water Partnership on üle 2000 partnerorganisatsiooni võrgustik, mis tegutseb veeressursside säästliku haldamise teemadega üle maailma.
  • BEN - Baltic Euroregional Network on Läänemere riikide Euroregioonide võrgustik.
  • Peipsi kalanduspiirkonna arendajate kogu 
  • ALDA - Euroopa kohaliku demokraatia assotsiatsioon