Eesti-Vene piiriveekogude kaitse ja kasutamise ühiskomisjon on moodustatud piiriveekogude koostöö koordineerimiseks. Peipsi Koostöö Keskuse eksperdid osalevad kahes töörühmas: Veeressursside kompleksse haldamise ning Seire, hinnangu ja rakendusuuringute töörühmades.
Arengukoostöö Ümarlaud on arengukoostöö valdkonnas tegutsevaid või sellest huvituvaid Eesti kodanikuühendusi koondav katusorganisatsioon.
LIVING LAKES võrgustiku tööd koordineerib Ülemaailmne Looduse Fond, mille eesmärgiks on järvede, märgalade ja mageveevarude kaitse kogu maailmas. Peipsi järv ja Võrtsjärv, mida esindavad Peipsi Koostöö Keskus, Eestimaa Looduse Fond ja Võrtsjärve SA on võrgustiku liikmed alates 2003. aastast.
Global Water Partnership on üle 2000 partnerorganisatsiooni võrgustik, mis tegutseb veeressursside säästliku haldamise teemadega üle maailma.
Peipsi kalanduspiirkonna arendajate kogu
ALDA - Euroopa kohaliku demokraatia assotsiatsioon